Vytvořte morčeti takové prostředí, aby jeho zdraví nebylo ohroženo. Určité nemoci se léčí jen obtížně, nebo je nelze léčit vůbec. Postarejte se proto morčeti vždy o čistý příbytek, nenechávejte v něm zbytky potravy, které by mohli hnít nebo plesnivět a vodu vyměňujte včas, aby se v ní nezačaly množit bakterie a řasy. Morče nesmí být v přílišném teple (ideální je běžná pokojová teplota) či chladu (teplota by neměla klesnout pod 5 – 10 °C), jeho klec nesmí být umístěna v průvanu, ani na přímém slunci. Dávejte morčeti dostatek krmiva dobré kvality a zajistěte mu nezbytnou denní porci vitamínu C. Pokud i přes veškerou vaši péči a přes dodržování těchto zásad morče onemocní, i hned je oddělte od ostatních spolubydlících, protože většina onemocnění je nakažlivá.
Jestliže morče jeví příznaky nemoci, neotálejte raději a okamžitě je odneste k veterináři. Pro morčata může být smrtelné i silnější nachlazení, nebo průjem.

Průjem
Zkažená potrava, znečištěná voda nebo krmení s příliš velkým obsahem vody mohou být příčinou průjmu. Dalším možným důvodem může být i náhlá změna krmiva. Nové krmivo proto raději přimíchávejte do původního, přičemž podíl nového krmiva postupně zvyšujte. Morče tak získá možnost zvyknout si na novou potravu postupně a vyhnete se zažívacím potížím. Dokud průjem zcela neustane, je nutné každý den čistit klec a nakonec ji důkladně vydezinfikovat. U silnějšího průjmu, který je provázen nechutenstvím a apatií, bude nezbytná urychlená návštěva lékaře.

Nachlazení
Nejběžnějšími příčinami nachlazení jsou průvan a chlad v kombinaci s vlhkem. Prvním příznakem onemocnění je mokrý čenich. Okamžitě morče přeneste do místnosti s pokojovou teplotou. Pakliže se nachlazení začne projevovat vážnější formou, například chraplavým dýcháním a výtokem z nosu, hrozí zápal plic a jedinou pomocí bude léčba antibiotiky, které vám předepíše veterinář

Kožní roztoči (svrab)
Roztoči jsou drobní cizopasníci, kteří žijí v kůži hostitele, vytvářejí v ní chodbičky a během krátké doby jsou schopni napáchat velkou škodu. Jejich přítomnost zpozorujete nejprve jako řídce osrstěná nebo zcela holá místa, většinou na zadní části těla morčete. Během několika týdnů může být zasažena celá plocha kůže, tak daleko to však rozhodně nesmíte nechat dojít. Svrab je nakažlivý, nicméně postihuje zpravidla pouze méně odolné jedince. Tuto nemoc lze léčit pomocí speciálně vyvinutých účinných prostředků.

Problémy s chrupem
Přední zuby všech hlodavců, tedy i morčat, neustále rostou a obrušují se o protilehlé zuby. Je proto nutné, aby mělo morče dostatek příležitosti k hlodání, které takovému obrušování napomáhá. Dočasné problémy mohou nastat, když se jeden ze zubů ulomí (při pádu nebo z nedostatku vitaminů či vápníku). I protilehlý zub se pak odštipovat, dokud ulomený zub nedoroste natolik, aby oba zuby vzájemně dobře doléhaly. Dlouhodobé problémy nastávají, jestli horní a dolní zuby do sebe z nějakého důvodu nezapadají. Takto srostlé zuby se nemohou vzájemně obrušovat, a mohou proto narůst takzvané „sloní zuby“, dosahující k protilehlé dásni. Jestliže se tato potíž objeví již u mladého morčete, které teprve začíná jíst pevnou stravu, musíte se smířit s tím, že mu budete muset nechávat zuby pravidelně zkracovat (vhodné je pouze zkracování zubů kotoučkem s mikromotorem, při zkracování kleštěmi může dojít k nevratnému poškození zubu!!!) Tento problém je stoprocentně dědičný, takže je jen rozumné nepoužívat takové morče k dalšímu chovu.
Složitější situace nastává tehdy, když vzájemně nedoléhají stoličky. Stoličky ve spodní čelisti stojí poněkud šikmo směrem dovnitř a mají se obrušovat o horní stoličky, které v užší horní čelisti směřují mírně ven. Jestliže protilehlé stoličky rostou mimo sebe, morče slintá, skřípe zuby a z jídla vybírá pouze měkké kousky. Brzy však schopnost kousat a polykat ztratí docela a začne viditelně hubnout . Je proto nezbytné takto špatně rostlé stoličky zbrousit pod narkózou.